Z przeprowadzonej kontroli sporządzany jest protokół pokontrolny (art. 141) oraz wystąpienie pokontrolne zawierające m.in. zalecenia pokontrolne (art. 142).
W przypadku niedopełnienia przez instytucje obowiązane obowiązków nałożonych ustawą, przewidziane są kary administracyjne określone w art. 150 ustawy. Kary w drodze decyzji administracyjnej nakłada Generalny Inspektor Informacji Finansowej.